QTL单性状多环境定位分析及QTL与环境互作

1、数倌栗受绽据准备：1、表型数据：第一列为基因型（品系）、第二列为环境、第三列为产量（观测值）2、图谱数据：第一行是标记名称，第一列是基因型（品种）名称，第二行和第三行是两个亲本的信息。3、基因型数据：第一列是标记名称，第二列是染色体，第三列是染色体上的位置。 没有行头。

2、打开GenStat软件

3、导入表型数据：•Stat->QTL(Linkage or Association)->data import->稆糨孝汶;Loat phenotypic data1选择一个观测值yield导入到trait means2选择基因型G3选择环境E

4、导入基因型数据和图谱数据：•Stat->QTL(Linkage or Association)->data import->load Genotypic (mark and map) data导入基因型数据导入表型数据选择群体来类型：F2

5、选择分析方法：单性状多环境连锁分析：QTL_analysis->Single Trait Linkage(Single Environment)

6、简单区间作图：SIM

7、SIM结果：

8、复合区间作图模型（CIM），默认辅助因子（cofactor），模型如下：

9、CIM结果：

10、QTL与环境互作模型：

11、结果一：用基于Reml的混合线性模型分析方法，查看方差分量，以及QTL X E的互作显著性检测

12、结果二：QTL X E的互作显著的QTL的信息，包括QTL的位点、效应、贡献率、贡献亲本

13、结果三：QTL在不同环境的贡献率

14、结果四：QTL与环境互作图形显示，图像显示共有7个QTL检测出与环境互作，这些QTL有的与环境互作正向，有的为负向，第七个QTL在所有环境中互作都为正向，考虑到这是产量的QTL定位，这个QTL可能更有意思。