vasp入门到精通[36]查看原子变化幅度(手写脚本)

1、有时候大家会不会想看一下体系优化后的原子变化情况，这一节小编写了个脚本，可以查看每个原子优化前后的位移就是POSCAR与CONTCAR中原子的坐标差

2、vasp优化后会产生结构文件CONTCAR，拿它和初始结构POSCAR做差值其实就是把对应的坐标做差值

3、小编用python写了一个脚本，小伙伴们可以直接复制代码，注意缩进哦，python要求一定的缩进情写硎霈规则（就是要注意小编的空格，换行格式）

4、在linux命令行里运行命令：vi difference.py然后开始写代码，代码截图如下：

5、代码内容如下：a=open('POSCAR','r+')b=open('CONTCAR'稆糨孝汶;,'r+')la=a.readlines()lb=b.readlines()numlist=[int(i) for i in la[6].strip().split()]num=sum(numlist)for j in range(8,8+num): numlista=[float(i) for i in la[j].strip().split()] numlistb=[float(i) for i in lb[j].strip().split()] numlist=[x-y for (x,y) in zip(numlista,numlistb)] print numlist注意缩进（就是文本的对齐格式）

6、执行脚本，运行命令：pythondifference.py则会显示位移情况

7、如果运行pythondifference.py>check.dat把位移保存为check.dat文件，可以方便查看

8、cat -n check.dat显示每行坐标的行号和位移

9、喜欢小编的可以订阅哦，下期见！！！