Sequel测序大揭秘(全长转录组测序)
1、实验步骤将提取的总RNA进行反转录,合成cDNA并加接头序列;根据片段大小将cDNA进行分割;将cDNA进行环化处理,并上机测序。1,样品质控2,cDNA文库构建3,cDNA文库筛选4,建库上机5,数据分析 (一级,二级)6,相关验证
2、交付周期建库测序:25个工作日标准分析:30个工作日高级分析:根据实际信息分析内容而定
3、技术优势1、直接测序即可获得全长转袄嬖艽蛞录组序列信息,one read=one full lengh transcript2、有效地绘制复杂基因组的转录图谱,作为基因功能研究的参考序列3、无需拼接即可获得转录本序列4、获得全面的可变剪切、融合基因以及Isoform信息
4、案例分析 《 Nature》上美国冷泉港实验室也报道了用该系统进行玉米转录组分析的最新进展。由于P锾攒揉敫acBio技术读长长,无需拼接,斯坦福大学的研究人员因此利用PacBio进行无需拼接的全转录组研究,比如在人ESC细胞中除了发现8000多个已知的转录本异构体外,还发现了约5500个全新的转录本剪接方式,其中含有大量现在研究中大热的lncRNA,这些发现在二代测序平台上是无法发现的,因为NGS读长短必须拼接,拼接的过程中就会把新颖的剪接方式错误地归类到已有中去,即过分依赖于原有的注释信息。文章在《Nature Biotechnology》上发表后引起轰动,NBT杂志在其后一连三篇点评全转录本测序的未来趋势,就是长读长介导下的无需拼接方式。 天津生物芯片三代测序平台自2013年运行至今,作为国内最早提供三代测序服务的机构,现已形成以PacBio单分子测序RSII和Sequel“双核”平台为中心,现已成功利用三代测序技术完成细菌、真菌、昆虫、动植物、人类等数百个物种的基因组、全长转录组测序及分析工作,并开发建立了基于三代测序技术的靶向测序、宏基因组测序、表观遗传测序、以及单细胞测序系列方案。