怎样利用BLAST分析一段未知基因序列
1、百度搜索NCBI在百度搜索栏内键入“NCBI”,点击回车或“百度一下”,选择第一个带有“官网”标志的链接,进入NCBI主页。
2、点击右侧BLAST进入主页后,我们看到有很多选项和功能,纷乱复杂,让人摸不到头绪。我们且不管这些,找到最右侧BLAST,下图箭头所指,点击进入。
3、点击nucleotide blast既然我们要搜索查找一段基因序列,我们需要点击Basic BLAST中的nucleotide blast来查找,点击此项进入。
4、输入基因序列因为我们也不确定这段基因到底是什么,我们需要先进行模糊查找。在Enter Query Sequence框内输入你的目的基因,或者下载,点击“选择文件”,这两种均可。
5、条件设置下面有两个大的条件设置,Choose Search Set和Program Selection,小编一般都选择默认的设置,根据自己的需求选择即可,然后点击最下方“BLAST”。
6、结果分析记过几秒钟的分析后,结果出现了,我们看到与这段基因相似性最高的是Duck hepatitis A virus strain,软件同时给出了相似性得分情况和其对应的序列号。下图中前几位基因序列与未知基因的相似度最高,说明这段未知基因与这类病毒非常接近。
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