如何使用python将fasta文件中各种碱基计数

1、首先我们将fasta文件读入python（首先选定编码形式，这里我习惯用UTF-8，中文兼容性好）。

2、这里说明一下，第一个r是表示后面的路径内容不用再转义了，最后的r表示写入。

3、然后通过循环遍历文件，注意文件是带空行的注意使用.strip()，还有文件本身是大小写都有的，小写表示的是重复序列，大写表示一般序列。所以用.upper()全部统一为大写。

4、采用"str:{0}".format()的形式结合字符串，再通过str_.count("xxx")的方式来输出特定字符的个数。

5、最后看一下效果，看来A:T和C:G的比值接近于1，所以该序列较为正常。

6、最后提一下，如果想知道其互补链的序列呢？使用自带函数str就可以啦，虽然很简单也很重要哦。