GEO数据库中某一疾病的差异基因分析（二）

1、1 GEO数据检索

2、1.1搜索基因云馆分析平台 ，登录系统（或注册后登录），见PIC.1

3、1.2进入操作页面，检索数据GSE75037，见PIC.2

4、GSE75037检索结果是这样的，见PIC.3

5、2 芯片数据预处理

6、2.1旅邯佤践进入数据预处理界面，做好准备工作，比如在GEO官网里查找GSE75037的数据信息：Platforms (1): 镟搞赃呓GPL6884 Illumina HumanWG-6 v3.0 expression beadchip；在基因云馆平台上的芯片数据预处理中的Platform下拉框里面有对应的平台号，说明该数据可以在这个平台上自主分析，详情见PIC.4。

7、2.2俣挫呲蹀找分组信息 找对分组信息是关键，打开第一步GEO数据检索结果里面的GSE75037_GPL6884pData.csv文件，见图PIC.5。很明显I列信息就是要找的分组信息，列名称source_name_ch1就是芯片数据预处理的groupName，另外，可以看出该数据只有两个分组，即Non-malignant lung和Lung cancer。

8、2.3证额诹浮芯片数据预处理，具体操作步骤见PIC.6。只要检索数据在平台上有对应的Platform，芯片数据预处理时Platform不用再单独选择（不用做任何处理）。

9、芯片数据预处理后，结果是这样的，见 PIC.7

10、3差异基因分析差异基因分析，上传上部结果里面的GSE75037_GPL6884RData文件，具体操作见PIC.8，colsele艘早祓胂ct栏自动默认“groups”，control栏选好对照组，genenamesets栏有目的基因就填上，logFC和pvalue可以适当的调节。

11、结果是这样的，见PIC.9和PIC.10